เปลือกมังคุดมีสารสำคัญตัวหลักๆ อยู่ 3 กลุ่มด้วยกัน ได้แก่ สารกลุ่มพรีนิลเลท แซนโธน (prenylate xanthones) สารกลุ่มแอนโธไซยานิน (anthocyanins) และสารประกอบกลุ่มฟีนอลิค (phenolic compounds) สารกลุ่มพรีนิลเลท แซนโธน พบในส่วนที่เป็นน้ำยางสีเหลืองเขียวซึ่งอยู่ภายในท่อน้ำยางในเปลือกมังคุด สารหลักของกลุ่มนี้ คือ แอลฟ่า-แมงโกสติน (alpha-Mangostin) สารแมงโกสตินนี้มีฤทธิ์ต้านอนุมูลอิสระและสามารถต่อกรกับเชื้อจุลชีพได้ มีฤทธิ์ช่วยลดอาการอักเสบ และต้านเชื้อแบคทีเรียที่ทำให้เกิดหนอง ส่วนเปลือกมังคุดด้านนอกที่เป็นเนื้อแข็งสีม่วง มีสารแอนโธไซยานิน สารหลักในกลุ่มนี้คือ ไซยานิดินไกลโคไซด์ (cyanidin glycosides) ซึ่งเป็นสารรงควัตถุสีแดง (รงควัตถุหรือสารสี) ส่วนเปลือกด้านในที่มีลักษณะนุ่มกว่า มีสีชมพูอมม่วง ส่วนนี้มีสารประกอบกลุ่มฟีนอลิค หรือสารกลุ่มแทนนิน (tannins) เช่น โปรไซยานิดิน (procyanidins) อยู่มาก สารแทนนินมีฤทธิ์สมานแผล ช่วยให้แผลหายเร็วขึ้น ทั้งสารกลุ่มแอนโธไซยานินและสารประกอบกลุ่มฟีนอลิค มีฤทธิ์ในการต้านอนุมูลอิสระ สารสกัดเปลือกมังคุดจึงมีฤทธิ์ต้านอนุมูลอิสระต้านการอักเสบและต้านเชื้อแบคทีเรีย Propionibacterium acnes และ Staphylococcus epidermidis ซึ่งเป็นสาเหตุของการเกิดสิว ช่วยให้สิวอุดตันบนใบหน้าลดลง จึงนำมาใช้ในผลิตภัณฑ์รักษาสิวอักเสบและป้องกันสิว ต่อต้านการเกิดอนุมูลอิสระของการเกิดริ้วรอยของผิวพรรณ ชะลอการเกิดริ้วรอยแห่งวัย บรรเทาการเกิดอาการแพ้ ป้องกันผิวจากแสงแดด และทำลายเซลล์ผิวที่ตายแล้วให้หลุดออกไปพร้อมกับกระตุ้นการทำงานของคอลลาเจนอีกด้วย สารแซนโทนในเปลือกมังคุดยังมีฤทธิ์ในการยับยั้งเชื้อราที่เป็นสาเหตุของโรคผิวหนังและกลากเกลื้อน สารสกัดเปลือกมังคุดใช้รักษาแผลที่เท้าของผู้ป่วยเบาหวาน พบว่าได้ผลดี ใช้รักษาโรคปริทันต์และแผลในปาก เนื่องจากมีฤทธิ์ยับยั้งแบคทีเรียที่เป็นสาเหตุของโรคในช่องปากลดกลิ่นปาก รวมทั้งสารจีเอ็ม-1 ในมังคุด ช่วยบำรุงผิวและบรรเทาอาการแพ้ จึงมีการนำใช้เป็นส่วนผสมในเครื่องสำอางต่างๆ